Program Studi Magister Teknik Sipil, Fakultas Teknik, Universitas Tanjungpura didirikan pada tahun 2004 berdasarkan SK Kementerian Pendidikan Nasional Nomor 1666/D/T/2004, Tanggal 16 Mei 2004. Program Studi Magister Teknik Sipil, Fakultas Teknik, Universitas Tanjungpura memiliki 2 (dua) konsentrasi, yaitu Pengelolaan dan Pengembangan Infrastruktur (PPI) dan Pengelolaan dan Pengembangan Sumber Daya Air dan Lahan Basah (PPSDALB). Program Studi Magister Teknik Sipil, Fakultas Teknik, Universitas Tanjungpura terakreditasi BAIK SEKALI oleh Badan Akreditasi Nasional Nomor: 2405/SK/BAN-PT/Ak/M/VI/2023 Tanggal 20 Juni 2023. Para tenaga pengajar di Program Studi Magister Teknik Sipil adalah terpercaya dalam bidang keilmuannya.